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通常是在胚胎发育阶段，细胞染色体受到各种有害因素的扭曲，或有害物质抑制细胞有丝分裂，阻碍胎儿器官的正常分化发育，导致畸形。受精8周后，胚胎完成除神经系统和生殖器官以外的器官分化，进入胎儿期，对外界致畸因素的敏感性相对降低。
哪些女性要当心胎儿畸形-孕早期发生高热的妇女对于孕早期发热过度的女性，即使孩子没有明显的外貌畸形，脑组织的发育也可能受到不利影响，表现为智力低下，学习和反应能力差。这种智力低下是因为高烧导致胎儿脑神经细胞死亡，脑神经细胞数量减少。这种智障是无法恢复的。当然，高热导致的胎儿畸形也与孕妇对高热的敏感性等因素有关。
爱接近猫狗的孕妇很少有人知道，被感染的猫也是对胎儿畸形造成极大威胁的传染病来源，而猫的粪便是这种恶性传染病的主要传播途径。据相关数据显示，在英国，约40%的孕妇因与猫近距离接触而被感染，每年约有500名婴儿被猫杀死。
每天浓妆艳抹的女性美国一项调查显示，每天化浓妆的人，胎儿畸形的发生率是不化妆的人的1%。25次。化妆品中含有的砷、铅、汞等有毒物质是对胎儿畸形的主要不良影响。这些物质被孕妇的皮肤、黏膜吸收后，可穿过血-胎屏障，进入胎儿血液循环，从而影响胎儿的正常发育。其次，化妆品中的一些成分在阳光下受到紫外线照射，产生致畸芳香胺类化合物。
孕期精神紧张的女性人的情绪是由中枢神经系统和内分泌系统控制的，而肾上腺皮质激素作为内分泌激素的一种，与人的情绪变化密切相关。当孕妇紧张时，肾上腺皮质激素可能会阻碍某些胚胎组织的融合。如果发生在怀孕前三个月，会造成胎儿唇裂或腭裂等畸形。
饮酒的女性孕妇饮酒。酒精可通过胎盘进入发育中的胚胎，对胎儿造成严重伤害。孕期每天饮酒超过2杯，会对胎儿造成影响，甚至有危险；每天喝2-4杯有发育异常的风险。如头小、耳朵和鼻子小、上唇宽等。
吃了霉菌素食物的女性专家指出，如果孕妇食用了被霉菌毒素污染的食物(发霉的食物)，霉菌毒素可通过胎盘危害胎儿，造成胎儿体内细胞染色体断裂。
怎样避免胎儿畸形环境影响孕早期过量接触放射性物质可能导致畸形儿的出生。所以孕早期尽量不要做腹部X线透视或摄片，否则可能造成先天性心脏缺陷、小头畸形、死产。同时，孕早期应用雌激素、雄激素和孕激素可引起胎儿性别改变和其他畸形。孕妇连续使用链霉素可导致新生儿耳聋。
妊娠期用药应在医生指导下合理使用长期大量饮酒、吸烟的准爸妈可能会出现死胎、低出生体重、智力低下等情况。同时，孕妇体内的病毒感染也是导致畸形儿的原因之一。常见的是孕早期母亲患有流感、风疹、巨细胞病毒、单纯疱疹病毒等病毒感染，可导致胎儿患小头畸形、脑积水、脑钙化等组织或器官畸形。